1986’dan 2001’e kadar Türk Silahlı Kuvvetleri’nde astsubay olarak görev alan Hakan Fidan, Kara Kuvvetleri(KK) Muhabere Okulu ve KK Dil Okulu’nda eğitim aldı. Fidan askerliği kendi isteğiyle bırakıp Maryland Üniversitesi‘ne bağlı University of Maryland University College‘den Yönetim ve Siyaset Bilimi alanında eğitim aldı. Bilkent Üniversitesi‘nde master yaptı. Aynı üniversitede 2006’da da doktora yaptı.
Fidan, Hacettepe ve Bilkent üniversitelerinde akademisyenlik yaptı. Almanya’daki NATO Süratli Reaksiyon Kolordusu Karargahı’nda da çalışan Fidan 2001’den itibaren iki yıl Avustralya Türkiye Büyükelçiliği‘nde kıdemli siyasi ve ekonomik danışman olarak görev yaptı. 2003’te Başbakanlık Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı (TİKA) Başkanlığına atandı.
14 Kasım 2007’de Başbakanlık müsteşar yardımcılığı görevine gelen Fidan, 2008 Kasım ayında Uluslararası Atom Enerjisi Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine atandı. 8 Mart 2008’de de Uluslararası Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti üyesi oldu.
15 Nisan 2010’da Millî İstihbarat Teşkilatı müsteşar yardımcılığına getirildi. Emre Taner‘in görev süresinin dolmasının ardından, 25 Mayıs 2010 tarihinde MİT Müsteşarlığı görevine atandı.
Fidan, 10 Şubat 2015 tarihinden geçerli olmak üzere AK Parti’den milletvekili aday adayı olmak için istifa etti. Fidan'ın istifa etmesi kriz yarattıktan sonra 9 Mart 2015 tarihinde ise yazılı açıklama yaparak aday adaylığı başvurusunu geri çekip 10 Mart 2015’te görevine geri döndü. Hakan Fidan 15 Temmuz darbesinin ardından da görevinde kalmaya devam etti.